L'enorme e severa mole di nudi mattoni definisce una delle creazioni più felici della stagione del gotico in terra veneta: il traforo delle sue absidi anticipa addirittura gli ampi loggiati del Palazzo Ducale. Lo spaziosissimo e luminoso interno è diviso in tre navate da 12 pilastri che sorreggono archi ogivali collegati all'imposta da catene lignee le quali sostituiscono gli archi rampanti della tradizione gotica e assicurano staticamente l'edificio dalla controspinta dovuta al carico del tetto. Ai lati della cappella maggiore si aprono sul transetto sei cappelle absidali, originariamente concesse a Confraternite o famiglie nobili che le fecero decorare a proprie spese. Nella navata centrale si trova nella originaria posizione il Coro dei frati, unico esempio superstite in città: realizzato nelle seconda metà del XV secolo, è composto da 124 bellissimi stalli lignei intagliati ed è racchiuso da un pregevolissimo recinto marmoreo scolpito a figure. Indimenticabile è il suono dei due organi settecenteschi collocati lungo la navata sopra il coro e realizzati da Giovanbattista Piaggia (1732) e da Gaetano Callido (1795), che giustamente sono fra i più apprezzati al mondo. Lungo le pareti delle navate laterali trovano posto monumentali sepolcri, mausolei e cenotafi di veneziani illustri (tra gli altri quelli neoclassici di Tiziano Vecellio e di Antonio Canova) e importanti altari con notevoli dipinti e gruppi scultorei (Jacopo Palma il Giovane, Alessandro Vittoria, Baldassarre Longhena). Su tutti per valore risplende la pala della Madonna di Ca' Pesaro, dipinta da Tiziano nel 1526. Dal fondo della navata, oltre l'arco del coro, memorabile è la vista dell'altar maggiore con l'Assunta di Tiziano : secondo Antonio Canova "il più bel quadro del mondo". La stessa cappella maggiore ospita due bellissimi monumenti funebri dogali: l'uno di Niccolò Tron, eseguito da Antonio Rizzo (1476 ca.), l'altro di Francesco Foscari, eseguito dai fratelli Bregno (1460 ca.). Da poco (1994), accanto all'altare, è stato collocato un prezioso crocifisso antico. Nelle cappelle laterali si possono ammirare opere di Bartolomeo e Alvise Vivarini, Marco Basaiti, Andrea Mantegna, Palma il Giovane. La cappella dei Fiorentini ospita l'unica scultura veneziana di Donatello: il San Giovanni Battista, scultura lignea realizzata intorno al 1450. Le statue che sormontano le acquasantiere lungo la navata sono di Jacopo Sansovino e Girolamo Campagna. Nella sagrestia, costruita e pagata dalla famiglia Pesaro, oltre ad una preziosa mostra di reliquie e oggetti liturgici, trova posto dentro la sua cornice originale il trittico di Giovanni Bellini, firmato e datato (1488), con la Madonna in trono col Bambino e i santi Niccolò, Pietro, Benedetto, Marco e due angeli musicanti, di straordinaria esecuzione.



